StagesListe des stages proposés par les différents laboratoires d'accueil pour l'année 2011-2012 du master BioVIGPAParcours souhaités :
Télécharger le descriptif complet de tous les sujets de stage Stage 2, Parcours 2 Intitulé du stage : Reconstruction d’une souche phytopathogène à partir d’une souche de Xanthomonas arboricola épiphyte. Equipe d’accueil Equipe : EMERSYS, IRHS INRA/INH/Université d’Angers Encadrant : Tristan BOUREAU (co-encadrante : Marie-Agnès JACQUES) E mail : tristan.boureau@univ-angers.fr Mots clé : Xanthomonas, Système de Sécrétion de Type III, adaptation à l’hôte, acquisition de virulence, évolution expérimentale Descriptif du stage : L’inactivation du Système de Sécrétion de Type III de bactéries phytopathogènes du genre Xanthomonas abolit la capacité de la bactérie à induire une maladie. Nous avons récemment mis en évidence dans notre équipe l’existence de souches de Xanthomonas épiphytes (donc adaptées à la vie avec les plantes) non pathogènes dépourvues de SST3. Nous pouvons donc tester si l’apport en trans d’un SST3 fonctionnel transforme ces souches épiphytes en souches pathogènes. Le stage proposé permettra ainsi de tester expérimentalement l’importance de l’acquisition d’un SST3 dans l’émergence de nouvelles phytobactérioses. Stage 3, Parcours 2,3,5 Intitulé du stage : Caractérisation des voies de biosynthèse des terpènes associés au métabolisme secondaire du Pommier dans le cadre des interactions plante/environnement. Equipe d’accueil : EA 2106 Biomolécules et Biotechnologie Végétales Encadrants : Marc Clastre (MCU, HDR) marc.clastre@univ-tours.fr, Arnaud Lanoue (MCU), Sébastien Besseau (MCU), Vincent Courdavault (MCU) Mots clés : Malus domestica, terpènes, plante/environnement, qPCR, imagerie GFP, biolistique, VIGS Descriptif du stage : L’objectif du stage est de caractériser les voies de biosynthèse terpénique associées au métabolisme secondaire de Malus domestica via le clonage de séquences codantes d’enzymes, l’analyse de leur distribution tissulaire de leur transcrits par qPCR, la localisation subcellulaire des protéines par imagerie GFP et leur implication dans les interactions plante/environnement par extinction d’expression génique médiée par des vecteurs viraux (VIGS). Stage 4, parcours 5,6 Intitulé du stage : Etude du fractionnement isotopique de l’N chez la luzerne. Application à l’analyse du potentiel de fixation et de transfert d’N d’une collection de génotypes. Equipe d’accueil : Unité de Recherche Pluridisciplinaire Prairies et Plantes Fourragères – Equipe écophysiologie Encadrant : Gaëtan Louarn E mail : gaetan.louarn@lusignan.inra.fr Mots clé : légumineuses, fixation, fractionnement isotopique, diversité génétique Descriptif du stage : Les mesures de composition isotopique sont des mesures chimiques qui permettent de tracer efficacement le devenir des éléments dans les systèmes biologiques. Dans le cas des légumineuses, ces mesures sont à la base de la quantification de la fixation de l’azote par les nodosités. En se basant sur cette approche, il est proposé de caractériser en milieu contrôlé les paramètres nécessaires à l’estimation de la fixation sur une collection de 50 génotypes de luzerne représentatifs de la diversité génétique de l’espèce. Dans un second temps il s’agira d’utiliser ces paramètres pour comparer les potentialités de ces génotypes pour fixer l’azote de l’air en situation agronomique (culture pure et association). Stage 5, Parcours 5,6 Intitulé du stage : Paramétrage d’un modèle de photosynthèse foliaire chez la luzerne – Application à la simulation de l’assimilation du carbone dans un micro-peuplement de plantes virtuelles Equipe d’accueil : Unité de Recherche Pluridisciplinaire Prairies et Plantes Fourragères – Equipe écophysiologie Encadrant : Gaëtan Louarn E mail : gaetan.louarn@lusignan.inra.fr Mots clé : photosynthèse, modélisation, légumineuses, plantes virtuelles Descriptif du stage : Le partage de la lumière entre plantes et l’assimilation du carbone jouent un rôle prépondérant dans la compétition intra- et inter-spécifique des prairies semées. L’objectif du stage est de paramétrer un modèle de photosynthèse foliaire chez la luzerne et d’effectuer une première évaluation de son intégration dans un modèle plus large de peuplement virtuel. Les attendus à court terme concernent principalement une première analyse quantitative de la productivité et de la survie des plantes individuelles en peuplement selon leur accès à la lumière. Stage 6, parcours 1,3 Intitulé du stage : Exploitation de la séquence du génome du pommier pour affiner les connaissances génétiques sur la qualité de la texture des fruits Equipe d’accueil : UMR GenHort (puis IRHS) équipe FruitQual Encadrants : Sylvain Gaillard et François Laurens E mails : sylvain.gaillard@angers.inra.fr, francois.laurens@angers.inra.fr Mots clé : génome, annotation, qualité, pomme, QTL Descriptif du stage : Ce stage a pour but d'explorer et exploiter les annotations des régions du génome présentes sous les principaux QTLs de la texture de la pomme mis en évidence jusqu’à présent afin de définir les gènes potentiellement impliqués dans la régulation de ce caractère complexe Stage 7, Parcours 1,3 Intitulé du stage : Effet des basses températures sur le protéome des axes embryonnaires de graines en germination de deux génotypes chez la légumineuse modèle Medicago truncatula Equipe d’accueil : IRHS : Institut de Recherche en Horticulture et Semences, Angers, équipe BGL Encadrantes : Béatrice Teulat-Merah ; Françoise Montrichard E mails : beatrice.teulat-merah@agrocampus-ouest.fr ; francoise.montrichard@univ-angers.fr Mots clé : Medicago truncatula, légumineuses, germination, protéome, froid Descriptif du stage : Afin d’identifier des protéines pouvant jouer un rôle dans la tolérance au froid au cours des étapes précoces de développement, une analyse du protéome des axes embryonnaires de graines au cours de la germination sera réalisée chez l’espèce modèle de légumineuse Medicago truncatula. Deux génotypes contrastés seront étudiés en conditions optimales (20°C) et au froid (5°C). Cette étude sera complétée par une analyse des gènes correspondants (profils d’expression, variabilité allélique, co-localisation avec des QTL) in silico. Stage 8, Parcours 1,2 Intitulé du stage : Validation de l’effet de QTL de résistance à Aphanomyces euteiches chez le pois à partir de lignées quasi-isogéniques. Equipe d’accueil : UMR 118 INRA-Agrocampus Ouest-Université Rennes I APBV, Equipe Résistance aux bio-agresseurs Encadrant : Marie-Laure PILET-NAYEL E mail : Marie-Laure.Pilet@rennes.inra.fr Mots clé : Aphanomyces euteiches, pois, QTL-NILs, interactions QTL x fonds génétique Descriptif du stage : Le stage proposé vise à valider l’effet de QTL de résistance à A. euteiches précédemment identifiés chez le pois, dans des lignées quasi-isogéniques ayant introgressé des allèles de résistance à 1 à 3 QTL (QTL-NILs), et ainsi estimer l’effet « fonds génétique » sur la stabilité d’expression des QTL. Les travaux développés consisteront à i)- réaliser les empreintes génétiques des QTL-NILs à l’aide de marqueurs SNP et/ou SSR bien répartis sur le génome, ii)- phénotyper les QTL-NILs pour la résistance en conditions contrôlées et iii)- analyser l’effet des QTL, seuls ou en combinaison, sur le niveau de résistance à A. euteiches dans les NILs. Stage 9, Parcours 3,5 Intitulé du stage : Etude des boîtes régulatrices de réponse à la lumière du promoteur d’une expansine de rosier. Equipe d’accueil : UMR SAGAH Encadrant : Dr. Nathalie LEDUC E mail : Nathalie.Leduc@univ-angers.fr Mots clé : Etude promoteur, lumière, bourgeon, transgénèse, gène rapporteur Descriptif du stage : Une forte régulation par la lumière de l’expression d’un gène codant une expansine a été démontrée au cours du débourrement chez le rosier. Le promoteur de ce gène présente de nombreuses boîtes putatives de régulation par la lumière. Le stage consistera en l’étude de ces boîtes par une stratégie de clonage de séquences promotrices tronquées associées au gène rapporteur GUS (Gateway), transformation génétique de cellules de rosier et quantification d’expression par fluorimétrie. Stage 10, Parcours 3 Intitulé du stage : Identification des protéines impliquées dans le remodelage de la paroi des grains de blé par protéomique de la paroi. Equipe d’accueil : INRA Nantes, Equipe Paroi Végétale et Polysaccharides Pariétaux (PVPP) Encadrant : Mathilde Francin-Allami ; Colette Larré E mail : Mathilde.Allami@nantes.inra.fr; Colette.Larre@nantes.inra.fr Mots clé : paroi, protéomique, blé, fractionnement Descriptif du stage : Identification de candidats protéiques impliqués dans l’assemblage et le remodelage de la paroi des céréales par une analyse en spectrométrie de masse à partir d’échantillons protéiques pariétaux issus d’albumen de blé. Stage 11, Parcours 3 Intitulé du stage : Validation fonctionnelle d’une glycosyl transferase de blé en modèle cellulaire de tabac Equipe d’accueil : INRA Nantes, Equipe Paroi Végétale et Polysaccharides Pariétaux (PVPP) Encadrant : Mathilde Francin-Allami E mail : Mathilde.Allami@nantes.inra.fr Mots clé : cellules de tabac, transformation, glycosyl transférase, polysaccharides, paroi. Descriptif du stage : Expression stable d’une glycosyltransférase spécifique de l’albumen de blé dans un modèle cellulaire de tabac. Analyse de la composition pariétale des cellules transformées et comparaison avec celle des cellules non transformées afin de valider la fonction de l’enzyme exprimée. Stage 12, Parcours 3 Intitulé du stage : Etude du transporteur de nitrate, MtNRT1.3, par mutagénèse dirigée et chez des plantes mutées de Medicago truncatula Equipe d’accueil : Equipe ALSA, TGU IRHS (Institut de Recherche en Horticulture et Semences), Université d’Angers Encadrant : LE PAVEN Marie-Christine E mail : lepaven@univ-angers.fr Mots clé : transporteur de nitrate, mutagénèse dirigée, Medicago truncatula Descriptif du stage : Durant le stage, le transporteur de nitrate de Medicago truncatula, MtNRT1.3, sera étudié par mutagénèse dirigée. Les conséquences de la mutation seront évaluées par l’expression de la protéine mutée dans des ovocytes de xénope et le suivi de l’absorption de 15NO3-. Par ailleurs, une analyse fonctionnelle du transporteur de nitrate sera réalisée à l’aide de plantes mutantes, afin d’évaluer le rôle du transporteur dans la perception du signal nitrate, l’allongement de la radicule et l’homéostasie du nitrate dans les parties aériennes. Stage 13, Parcours 1 Intitulé du stage : Sexe et parthénogenèse chez l'algue brune Ectocarpus Equipe d’accueil : Génétique des algues Encadrant : Susana Coelho E mail : coelho@sb-roscoff.fr Mots clé : Algues brunes, Ectocarpus, parthénogenèse, sexe, génétique Descriptif du stage : The objective of this project is to characterise a locus that influences the ability of gametes of the brown alga Ectocarpus to germinate parthenogenically if they fail to fuse with a gamete of the opposite sex. The project will use a range of molecular, genetic and imagery approaches to analyse and quantify the parthenogenetic locus, which appears to be linked to the sex locus in Ectocarpus. Stage 14, Parcours 5 Intitulé du stage : Analyse de la morphogenèse de plantes individuelles de type gazon soumis à un éclairage artificiel complémentaire au rayonnement naturel. Equipe d’accueil : Unité de Recherche Pluridisciplinaires sur les Prairies et Plantes Fourragères (URP3F) - INRA Encadrant : Didier Combes E mail : dcombes@lusignan.inra.fr Mots clé : éclairage artificiel, rayonnement naturel, gazon sport Descriptif du stage : L’objectif de ce travail est donc d’analyser les réponses écophysiologiques des parties aériennes et souterraines des plantes soumises à deux traitements lumineux. Le premier traitement correspond à un régime lumineux naturel et le second correspond à un régime lumineux artificiel en complément au rayonnement naturel. Ce stage donnera des atouts à l’étudiant pour poser sa candidature à une thèse CIFRE au sein de l’équipe et qui est dans le même domaine. Stage 15, Parcours 1,5 Intitulé du stage : Analyse de la dynamique de la morphogenèse et de l’interception de plante individuelle dans un peuplement génétiquement hétérogène Equipe d’accueil : Unité de Recherche Pluridisciplinaires sur les Prairies et Plantes Fourragères (URP3F) - INRA Encadrant : Didier Combes E mail : dcombes@lusignan.inra.fr Mots clé : morphogenèse, modélisation, génétique, rayonnement, ray-grass Descriptif du stage : L’objectif de ce travail est d’analyser le rôle de la dynamique d’interception du rayonnement lumineux dans l’évolution de plantes individuelles dans un peuplement génétiquement hétérogène. Il s’agira de caractériser la dynamique de la structure physique des plantes et d’appliquer un modèle d’estimation du rayonnement pour calculer l’interception. Ce stage donnera des atouts à l’étudiant pour poser sa candidature à une thèse CIFRE au sein de l’équipe. Stage 16, Parcours 2,3 Intitulé du stage : Interactions entre une bactérie antagoniste et un champignon pathogène de plante : rôles de systèmes de sécrétion protéique Equipe d’accueil : Ecologie Microbienne de la Rhizosphère Encadrant : SARNIGUET Alain E mail : Alain.sarniguet@rennes.inra.fr Mots clé : bactérie antagoniste-champignon pathogène- racine – interactions- déterminisme génétique Descriptif du stage : L’objectif est de comparer les phénotypes de mutants bactériens d’une souche antagoniste Pseudomonas fluorescens affectés dans deux systèmes de sécrétion avec les phénotypes de la souche sauvage. Les phénotypes observés sont relatifs à la colonisation bactérienne en absence ou en présence de mycéliums fongiques de champignons (dont Gaeumannomyces sp. pathogène du blé), le phénotype de croissance et mélanisation des hyphes, d’expression du pouvoir pathogène sur racines. L’expression de quelques gènes bactériens et fongiques sera suivie par PCR quantitative. Stage 17, Parcours 1,3,6 Intitulé du stage : De la méso-structure au métabolisme carboné, une approche intégrée chez le riz Equipe d’accueil : Biopolymères Interactions Assemblages. Equipe : ELIPS – Cirad Montpellier Encadrant : Planchot Véronique E mail : planchot@nantes.inra.fr Mots clé : métabolisme carboné des grains – génomique fonctionnelle - transcriptomique Descriptif du stage : L'un des objectifs principaux stage proposé est de permettre de mesurer la validation des acquis publiés ou brevetés obtenus sur d'Arabidopsis vers le riz. L'acquisition de connaissances sur des plantes supérieures d'intérêts agronomiques se heurte souvent à des verrous technologiques. Dans ces cas là, le recours à des modèles plus simples est souhaitable. C’est dans ce contexte que la plus grande majorité des avancées actuelles relatives au métabolisme de l’amidon ont pu être faites par des approches de génétique inverse chez At. Au cours de ce stage nous proposons de valider de ce type de résultats vers le riz par une approche de génomique fonctionnelle combinée à des approches transcriptomique et de phénotypage. Stage 18, Parcours 3,4,5,6 Intitulé du stage : Métabolites d’interaction chimique chez des végétaux soumis à un stress biotique Equipe d’accueil : PNSCM Produits Naturels Syntheses Chimie médicinale (Fac Pharmacie) UMR 6226 SCR + Equipe FORBIO UMR 6553 ECOBIO Encadrant : Joel BOUSTIE + Gabrielle THIEBAUT E mail : joel.boustie@univ-rennes1.fr, gabrielle.thiebaut@univ-rennes1.fr Mots clé : écologie chimique, métabolites secondaires, stress biotique, profils métaboliques Descriptif du stage : Profilage métabolique (métabolites secondaires) de végétaux soumis à un stress biotique avec identification de métabolites secondaires impliqués dans des conditions de stress biotique. Stage 19, Parcours 1,3 Intitulé du stage : Phénotypage du métabolisme carboné Equipe d’accueil : Biopolymères Interactions Assemblages. Equipe : ELIPS Encadrant : Planchot Véronique E mail : planchot@nantes.inra.fr Mots clé : phénotypage de la plante entière – phénotypage des organes de réserve - métabolisme carboné des grains Descriptif du stage : L'objectif du projet dans lequel s'insère ce stage s'intègre dans une démarche globale de type mécanistique en ce qui concerne l'approfondissement des connaissances fondamentales sur la question d’intégration des acquis dans les programmes d’amélioration des plantes. En effet, l’objectif est de valider les résultats obtenus (et brevetés) sur des organismes possédant des génomes compacts et une biologie simple tels que Arabidopsis T. sur une plante de grande culture et à génomes complexe, le riz. De part les données obtenues sur son génome, les vastes collections de mutants étiquetés, les larges collections d’EST…, le riz est actuellement la plante cultivée de choix permettant toutes les approches intégrées. Stage 20, Parcours 1,3,4 Intitulé du stage : Métabolomique du status redox des grains Equipe d’accueil : Biopolymères Interactions Assemblages. Equipe : ELIPS Encadrant : Planchot Véronique E mail : planchot@nantes.inra.fr Mots clé : statut redox – céréales - albumen – mort cellulaire Descriptif du stage : L'objectif du travail proposé est de finir de mettre au point des méthodes de mesure permettant de déterminer tout au long de la phase de remplissage et de maturation du grain des métabolites ciblés tels que : ascorbate, glutathion, NADPH…, et les enzymes de détoxication des formes actives de l’oxygène, permettant ainsi de suivre le statut redox lors du développement de l’albumen. Stage 21, Parcours 1,3,4 Intitulé du stage : Stress développemental lors de la biosynthèse massive de réserves des grains Equipe d’accueil : Biopolymères Interactions Assemblages. Equipe : ELIPS Encadrant : Planchot Véronique E mail : planchot@nantes.inra.fr Mots clé : Chemotypage métabolique - statut redox – céréales - albumen – mort cellulaire Descriptif du stage : Le stress oxydant est un thème majeur des recherches menées dans le domaine des sciences du vivant, notamment dans les sciences médicales. Dans le domaine des sciences du végétal, le stress oxydant est largement abordé dans le cadre des réponses des plantes aux stress biotiques et abiotiques. Ce stress ne peut être comparé au "stress oxydant développemental" qui accompagne le développement des grains. L’un des objectifs majeur du projet est d'utiliser les connaissances acquises dans les autres domaines précités et de les transposer afin de développer une stratégie analytique permettant de caractériser de façon fine et dynamique le stress oxydant au niveau moléculaire (chémotypage redox). De caractériser en collaboration avec des plateformes métabolomiques les grands changements affectant le métabolisme cellulaire lors des différentes étapes du développement du grain. Stage 22, parcours 2 Intitulé du stage : Réponses différentielles de tissus de Pommier à la présence d’Erwinia amylovora, agent du feu bactérien Equipe d’accueil : ResPom (future IRHS) ; ex-équipe GEFIN de l’UMR PaVé Encadrant : Marie-Noëlle BRISSET E mail : brisset@angers.inra.fr Mots clé : Erwinia amylovora, Pommier, défenses Descriptif du stage : Analyse fonctionnelle d’un QTL de résistance du Pommier à E. amylovora par microarrays, avec un objectif de microdissection des feuilles pour comparer les réponses de différents types cellulaires à la présence de la bactérie. Stage 23, Parcours 3 Intitulé du stage : Effet des perturbations chroniques dues aux nanoparticules métalliques sur la santé des écosystèmes terrestres. Equipe d’accueil : Mécanismes à l’Origine de la Biodiversité, UMR Ecobio, UR1 Encadrant : Francisco CABELLO HURTADO E mail : francisco.cabello@univ-rennes1.fr Mots clé : Ecotoxicologie, Nanoparticules, Adaptation, Biomarqueurs, Phytoremédiation Descriptif du stage : Ce projet de recherche vise à évaluer l’écotoxicité d’une pollution aux nanoparticules (NP) de CeO2, NP d’oxydes métalliques représentatives de par leur forte utilisation. Le travail proposé va de l’étude des effets des NP sur le fonctionnement cellulaire et tissulaire végétal et sur des paramètres de croissance et démographiques des vers de terre, à l’analyse de l'absorption et la circulation des NP dans les plantes, et leur répartition au niveau cellulaire et tissulaire. Stage 25, Parcours 4 Intitulé du stage : Contribution à l’étude de la biodiversité de la flore Néo-Calédoniennes – Phytochimie de Moutrouziera endémiques Equipe d’accueil EA 921 SONAS – IFR Quasav Encadrants : David Guilet (SONAS) E mail : david.guilet@univ-angers.fr Mots clé : Clusiaceae, polyphenols, analyses phytochimiques, activité biologique Descriptif du stage : Ce stage concerne l’évaluation du potentiel phytochimique d’extraits de deux Montrouziera endémiques de Nouvelle-Calédonie ainsi que l’isolement et l’identification de quelques métabolites secondaires ciblés dans ces extraits sur des critères structuraux et/ou d’activité biologique. Il comprendra en particulier un travail de déréplication sur les extraits par méthodes couplées d’analyse (UPLC-UV-DAD, UPLC-MS/MS). Stage 26, Parcours 1,2 Intitulé du stage : Vers la synténie fonctionnelle entre le poirier et le pommier pour la résistance à la tavelure Equipe d’accueil : ResPom Résistance du pommier - poirier aux pathogènes Encadrant : Laure PERCHEPIED E mail : laure.perchepied@angers.inra.fr Mots clé : poirier / Venturia pirina, cartographie fine, phénotypage, synténie. Descriptif du stage : L’objectif du stage sera de cartographier finement les gènes de résistances du poirier à la tavelure via des marqueurs SSR, CAPS ou SNP. La comparaison des positions des régions des génomes poirier/pommier impliquées dans la résistance à la tavelure avec des marqueurs ponts de type SSR ou CAPS permettra d’attester de la synténie locale autour des gènes de résistance entre le poirier et le pommier. Stage 27, Parcours 6 Intitulé du stage : Impact de différents apports de fertilisant (chimique et organique) sur la dynamique des communautés pédofaunistiques en grande culture Equipe d’accueil : Unité de recherche LEVA Encadrants : Cassagne Nathalie et Cannavacciuolo Mario E mail : n.cassagne@groupe-esa.com Mots clé : systèmes de culture, faune du sol, fertilisants organiques, fonctions écologiques Descriptif du stage : Ce stage a pour objectif d’étudier l’impact de 4 modalités de fertilisation appliquées en plein champ sur la diversité et l’activité des communautés de la faune du sol. L’impact des différents modes d’amendements sur les groupes biologiques du sol sera évalué et l’intérêt de changements ou de différences dans les communautés pour la réalisation de services écosystémiques dans le système plante-sol sera alors discuté. Stage 28, Parcours 4 Intitulé du stage : Contribution à l’étude phytochimique et biologique de Mammea neurophylla (Clusiaceae) Equipe d’accueil : EA 921 Substances d’origine naturelle et analogues structuraux (SONAS) Encadrant : Séverine Derbré E mail : severine.derbre@univ-angers.fr Mots clé : Phytochimie, purification, criblage automatisé, produits terminaux de glycation. Descriptif du stage : Le stage aura pour objectif l’analyse phytochimique de Mammea neurophylla (Clusiaceae) en exploitant les techniques d’extraction, de purification (chromatographie flash, chromatographie de partage centrifuge, SPE etc.) et d’analyse (CLHP, RMN, SM etc.) du laboratoire SONAS et de la plateforme PHYTO de l’IFR QUASAV. Les extraits végétaux et molécules isolées seront valorisés au niveau biologique, notamment en exploitant un test de criblage automatisé (automate pipeteur-diluteur) des activités inhibitrices de la formation des produits terminaux de la glycation (AGEs). Stage 29, Parcours 2 Intitulé du stage : Etude de l’adaptation à l’hôte de bactéries épiphytes non-pathogènes de l’espèce Xanthomonas arboricola par des approches génétiques et in planta. Equipe d’accueil : Emersys (Institut de Recherche en Horticulture et Semences) Encadrant : Marion Le Saux E mail : marion.le-saux@angers.inra.fr Mots clé : Xanthomonas arboricola, souches saprophytes, adaptation à l’hôte, structure génétique des populations, répertoires de gènes liés à l’interaction, Descriptif du stage : Les bactéries de l’espèce Xanthomonas arboricola sont connues pour les bactérioses majeures qu’elles provoquent en arboriculture. L’objectif du stage est d’étudier une collection de souches de cette espèce non pathogènes sur leur hôte d’isolement, afin de (i) déterminer leur structuration génétique et leur lien avec les populations pathogènes, (ii) caractériser leur contenu en gènes liés à l’interaction avec la plante, (iii) étudier leur comportement in planta (induction d’une HR, aptitude épiphyte : adaptation à leur hôte). Stage 30, Parcours 3 Intitulé du stage : Implication du glutamate et du monoxyde d’azote (NO) dans la réponse au stress hydrique chez Medicago truncatula Equipe d’accueil : ALSA (Azote, Levée et Stress Abiotiques) Encadrant : Elisabeth PLANCHET (MCF) E mail : elisabeth.planchet@univ-angers.fr Mots clé : Monoxyde d’azote, glutamate, Medicago truncatula, métabolisme azoté, stress hydrique Descriptif du stage : L’objectif du stage est d’étudier le rôle et l’impact du glutamate et du NO sur la modification du métabolisme azoté de plantules en réponse à un stress hydrique. Cette élucidation implique d’étudier la corrélation de ces deux molécules de signalisation par des approches pharmacologiques, biochimiques et moléculaires. Stage 31, Parcours 1,3,4 Intitulé du stage : Etude de l’implication de prénylation de protéines dans la régulation par l’acide abscissique de la synthèse de lignanes du lin Equipe d’accueil : Lignanes des Linacées (LBLGC - EA1207 – Université d’Orléans, Antenne de Chartres) Encadrants : Dr Hano C et Dr Lamblin F E mail : christophe.hano@univ-orleans.fr / frederic.lamblin@univ-orleans.fr Mots clé : acide abscissique (ABA) / lignanes / lin (Linum usitatissimum L) / prénylation / régulation métabolique Descriptif du stage : Les lignanes sont des métabolites secondaires d’intérêt pharmacologique. Ce stage a pour objet la mise en place d’outils et l’obtention de matériels biologiques afin d’une part de déterminer l’implication des événements de prénylation dans la régulation par l’ABA de la production des lignanes du lin et, d’autre part, d’identifier les protéines prénylées impliquées dans ce processus, que ce soit en tant qu’élément de la voie de signalisation de l’ABA ou comme élément terminal, de type facteur de transcription. Stage 32, Parcours 1 Intitulé du stage : Développement d’une stratégie de production de plantes transgéniques sans gène marqueur chez le pommier et le poirier : optimisation d’un système de recombinaison site-spécifique Equipe d’accueil : équipe « Résistance du pommier-poirier aux pathogènes » (ResPom) de l’UMR IRHS Encadrant : E. Chevreau E mail : elisabeth.chevreau@angers.inra.fr Mots clé : pommier, poirier, transgenèse, recombinase Descriptif du stage : Afin de produire efficacement des plantes transgéniques de pommier et de poirier sans gène marqueur de sélection (résistance aux antibiotiques), nous développons une méthode d’excision du gène marqueur après transformation, grâce à une recombinase bactérienne inductible chimiquement. Le but du stage est la comparaison de deux méthodes d’obtention et la caractérisation moléculaire des clones transgéniques produits. Stage 33, Parcours 1,2 Intitulé du stage : Identification de promoteurs de pommier pouvant contrôler efficacement l’expression de transgènes de défense Equipe d’accueil : équipe « Résistance du pommier-poirier aux pathogènes » (ResPom) de l’UMR IRHS Encadrant : E. Vergne E mail : emilie.vergne@angers.inra.fr Mots clé : pommier, transgenèse, promoteurs, polymorphisme de séquence Descriptif du stage : Pour améliorer la résistance du pommier aux maladies, il est nécessaire de disposer de promoteurs permettant un contrôle précis de l’expression des transgènes. L’objectif du stage est le clonage et la caractérisation des séquences de deux promoteurs de polyphénol oxydase (PPO) de pommier qui permettent d’obtenir des profils d’expression recherchés : une expression constitutive de niveau moyen et une expression rapideet fortement inductible par un agent pathogène. Stage 34, Parcours 2 Intitulé du stage : Rôle des déhydrines dans le pouvoir pathogène du champignon Alternaria brassicicola Equipe d’accueil : FUNGISEM, Institut de Recherche en Horticulture et Semences Encadrant : Nelly Bataillé-Simoneau, Thomas Guillemette E mail : n.bataille@univ-angers.fr, thomas.guillemette@univ-angers.fr Mots clé : déhydrines, interactions plante-pathogène, stress abiotiques, fusion GFP, intégrité membranaire Descriptif du stage : L’objectif est de préciser le rôle de 3 déhydrines identifiées chez le champignon phytopathogène Alternaria brassicicola. Nous souhaitons d’une part déterminer leur localisation cellulaire en exprimant des protéines fusionnées à la GFP. D’autre part, les production et purification de ces déhydrines seront envisagées dans le but d’analyser leurs propriétés biochimiques. Stage 35, Parcours 2 Intitulé du stage : Analyse du déterminisme de la transmission d’Alternaria brassicicola à la semence d’Arabidopsis thaliana Equipe d’accueil : FUNGISEM, Institut de Recherche en Horticulture et Semences Encadrant : Thomas Guillemette, Claire Campion E mail : thomas.guillemette@univ-angers.fr, claire.campion@univ-angers.fr Mots clé : interactions plante-pathogène, pathosystème Alternaria brassicicola/Arabidopsis thaliana, semences, transcriptome, transmission à la semence, stress abiotique Descriptif du stage : L’objectif est d’initier une étude transcriptomique visant à obtenir des données complètes et sans a priori sur les mécanismes impliqués dans le contrôle de la transmission du champignon Alternaria brassicicola à la semence d’Arabidopsis thaliana. Après mise au point des méthodes d’extraction d’ARN, des puces à ADN couvrant l’ensemble des ORFs identifiés dans le génome d’A. brassicicola seront utilisées. Certains résultats d’expression obtenus seront validés par qPCR. Stage 36, Parcours 2,3 Intitulé du stage : Interaction Plantes/B. cinerea : Quelles conséquences sur le transport de sucres au sein de la plante ? Equipe d’accueil : Equipe "Physiologie Moléculaire du Transport des Sucres chez les végétaux" Encadrant : La Camera Sylvain E mail : sylvain.la.camera@univ-poitiers.fr Mots clé : transporteurs de sucres, pathogènes, Vigne, Arabidopsis thaliana, invertase Descriptif du stage : Le stage aura pour objectif déterminer l’impact d’un stress biotique sur le mouvement des sucres au sein de la plante entière. Pour ce faire, le stagiaire bénéficiera du savoir-faire du laboratoire dans ce domaine et de plantes transgéniques de vigne et d’A. thaliana modifiées dans l’expression de transporteurs d’hexoses. Ce travail permettra, par des approches moléculaires, physiologiques et biochimiques, de mieux comprendre les mécanismes de transport de sucres pour agir sur les capacités de résistance des plantes vis à vis d’agents pathogènes. Stage 37, Parcours 3 Intitulé du stage : Etude du rôle des transporteurs de sucre dans la racine d’Arabidopsis thaliana lors de la réponse à la contrainte hydrique. Equipe d’accueil : Laboratoire de Physiologie Moléculaire des Transporteurs de Sucres Encadrant : Nathalie Pourtau et Rémi Lemoine E mail : : nathalie.pourtau@univ-poitiers.fr ; remi.lemoine@univ-poitiers.fr Mots clé : Arabidopis thaliana, Racines, Contrainte hydrique, Transporteurs de sucre, Mutants Descriptif du stage : Application d’un stress hydrique sur des plantes (Arabidopsis thaliana) cultivées en hydroponie et en rhizobox. Localisation des transporteurs de sucre identifiés (expression, protéine). Etude de mutants d’insertion des transporteurs de sucre identifiés. Etude de mutants surexprimant les gènes de transporteurs de sucre identifiés. Stage 38, Parcours 3 Intitulé du stage : MicroARN et leurs cibles dans l’allocation des sucres en conditions de stress Equipe d’accueil : Équipe PhyMoTS, UMR CNRS 6503/ Université de Poitiers Encadrant : Pr. Rossitza ATANASSOVA E mail : rossitza.atanassova@univ-poitiers.fr Mots clé : régulation épigénétique, microRNA, transporteurs de sucres, réponses aux stress, Arabidopsis Descriptif du stage : Le stage a comme objectif la recherche de voies de régulation par microRNA ayant pour cibles des gènes de transporteurs de sucres. Les résultats obtenus devraient mettre en évidence l’implication du contrôle épigénétique dans l’allocation des sucres entre les organes à activité-source et les organes à activité-puits et son importance dans la réponse de l’organisme végétal aux contraintes défavorables du milieu. Stage 39, Parcours 3 Intitulé du stage : Capture et identification des protéines prénylées d’Arabidopsis thaliana Equipe d’accueil : EA2106 Biomolécules et Biotechnologies Végétales, Université de Tours Encadrants : N. Guivarc’h (HDR), E. Ducos, C. Dutilleul E mails : nathalie.guivarch@univ-tours.fr; eric.ducos@univ-tours.fr; christelle.dutilleul@univ-tours.fr Mots clé : protéines prénylées, Arabidopsis, imagerie GFP Descriptif du stage : L’objectif du stage est d’identifier les protéines prénylées in vivo dans la plante modèle Arabidopsis thaliana. Il s’agira d’adapter la procédure de marquage, purification et identification des protéines prénylées, utilisée avec succès pour les cellules animales, aux cultures cellulaires végétales d’Arabidopsis. Stage 40, Parcours 3,5 Intitulé du stage : Implication des récepteurs aux cytokinines dans l’interaction plante-insecte : Malus domestica (Pommier) – Phyllonorycter blancardella. Equipe d’accueil : EA2106 Biomolécules et Biotechnologies Végétales Encadrant : Joël CRECHE ; Co-encadrant : Gaëlle GLEVAREC E-mail : joel.creche@univ-tours.fr ; gaelle.glevarec@univ-tours.fr Mots clé : plante-insecte, pommier, signalisation, cytokinines. Descriptif du stage : Le stage consiste à caractériser les récepteurs aux cytokinines (CK) chez le pommier par des approches variées (régulation, localisation subcellulaire, complémentation fonctionnelle). Le stage devrait permettre également de mettre en évidence la potentielle implication de ces récepteurs dans l’interaction spécifique M. domestica – P. blancardella (mesure de l’expression dans la zone infectée par l’insecte, mesure d’affinité/spécificité vis-à-vis des divers types de CK). Stage 41, Parcours 3 Intitulé du stage : Etude des particularités du métabolisme azoté de l’orobanche rameuse, plante parasite du colza. Equipe d’accueil : Laboratoire de Biologie et Pathologie Végétales (Université de Nantes) Encadrant : Philippe SIMIER E mail : philippe.simier@univ-nantes.fr Mots clé : orobanche, glutamine, asparagine, proline, métabolisme azoté Descriptif du stage : Connectée au tissus phloémiens racinaires de la plante hôte (colza), l’orobanche (plante parasite) agit comme un puits principal vis-à-vis des photoassimilats azotés de l’hôte. Les travaux effectués dans le cadre de ce stage aideront à une meilleure compréhension du métabolisme azoté du parasite, de par leur contribution à la caractérisation moléculaire et biochimique des principales protéines impliquées dans le métabolisme de la glutamine, de l’asparagine et de la proline. Certaines de ces protéines pourraient être de bons candidats pour le développement de nouvelles méthodes biotechnologiques de lutte contre l’orobanche. Stage 42, Parcours 1,5,6 Intitulé du stage: Variabilité de la morphogénèse du système racinaire de deux graminées fourragères Equipe d’accueil: URP3F de l'INRA à Lusignan Encadrant: Abraham ESCOBAR-GUTIÉRREZ (HDR) E mail: abraham.escobar@lusignan.inra.fr Mots clé: analyse d'images, rhizotron, germination, modélisation, structure-fonction Descriptif du stage : Il s'agit de caractériser la morphogenèse racinaire précoce et d'analyser sa variabilité entre génotypes au sein de deux espèces de graminées fourragères (Lolium perenne L. et Festuca arundinacea Shreb). Nous utiliserons une approche expérimentale en conditions contrôlées avec suivi de la morphogenèse après germination) d'une centaine d'individus et ensuite en rhizotron d'une cinquantaine d'individus de Lolium perenne et de Festuca arundinacea en provenance de "core collections. Stage 44, Parcours 1,3 Intitulé du stage : Identification de gènes de biosynthèse des parois dans l’albumen du grain de blé Equipe d’accueil UR1268 Biopolymères, Interactions Assemblages Encadrant : AL Chateigner-Boutin et J . Salse E mail : anne-laure.chateigner-boutin@nantes.inra.fr; jsalse@clermont.inra.fr Mots clé : grain de blé, fibres alimentaires, paroi végétale Descriptif du stage : Nous proposons de valider des gènes candidats potentiellement impliqués dans la synthèse des polysaccharides des parois du grain de blé, importants pour les propriétés de transformation du grain, et fibres alimentaires bénéfiques pour la nutrition. Ces gènes seront séquencés, cartographiés, et comparés aux loci influençant la teneur en fibres. Leur expression sera suivie dans le grain en développement et dans des génotypes de blé à la teneur en fibres contrastées. Stage 45, Parcours 4 Intitulé du stage : Etude phytochimique et biologique d’une Clusiaceae d’origine Malaisienne ou Néocalédonienne Equipe d’accueil : SONAS (EA 921, IFR 149, Angers, France) Encadrants : Anne Landreau/Pascal Richomme E mail : anne.landreau@univ-angers.fr Mots clé : Clusiaceae- -chromatography-CPC-acetyl choline esterase Descriptif du stage : l'objectif du stage sera de déterminer la composition chimique d’une Clusisaceae d’origine Malaisienne ou Néocalédonienne en recherchant de métabolites secondaires originaux sur la base de tests évaluant le potentiel anti-inflammatoire dans le cadre de la maladie d’Alzheimer. Stage 46, Parcours 1,2 Intitulé du stage : Développement et cartographie de marqueurs géniques dans une région génomique associée à la résistance partielle à l’ascochytose et à l’architecture de la plante chez le pois Equipe d’accueil : UMR 118 INRA-Agrocampus Ouest-Université Rennes I APBV, Résistance aux bio-agresseurs Encadrant : Carole Giorgetti E mail : Carole.Giorgetti@rennes.inra.fr Mots clé : Résistance partielle, architecture, Mycosphaerella pinodes, pois, Medicago truncatula Descriptif du stage : Le stage proposé vise à densifier en marqueurs une zone d’intérêt du génome du pois contrôlant conjointement la résistance partielle à l’ascochytose et la taille des stipules, par la cartographie de nouveaux marqueurs géniques issus du génome séquencé de l’espèce Légumineuse modèle Medicago truncatula, et à identifier au sein d’une population large en ségrégation de pois des individus recombinants susceptibles d’avoir rompu une éventuelle liaison génétique entre QTL de résistance et gène/QTL d’architecture. Stage 47, Parcours 3 Intitulé du stage : Evolution de la composition des tissus d’origine maternelle au cours du développement du grain blé Equipe d’accueil : UR1268 Biopolymères, Interactions Assemblages Encadrant : F. Guillon E mail : fabienne.guillon@nantes.inra.fr Mots clé : grain de blé, péricarpe, microspectroscopie FT-IR, microscopie confocale à balayage laser, immunocytochimie Descriptif du stage : Dans le cadre de ce stage, nous proposons d’examiner les changements de composition des tissus d’origine maternelle qui interviennent lors du développement du grain. Des méthodes de microspectrocopie de fluorescence et de moyen infrarouge et d’immunocytochimie seront mises en œuvre. Les données seront analysées par des méthodes d’analyses multivariées. Ces données seront mises en relation avec les données d’expression de gènes impliqués dans la biosynthèse des polysaccharides pariétaux (RT PCR). Stage 48, Parcours 2,3 Intitulé du stage : Identification de PR-Protéines potentiellement impliquées dans la résistance partielle de la pomme de terre à Phytophthora infestans et Pectobacterium atrosepticum. Equipe d’accueil : 'Caractérisation et gestion durable des résistances des plantes aux maladies' Encadrants : Florence Val et Guillaume Saubeau E mail : florence.val@agrocampus-ouest.fr, saubeau@agrocampus-ouest.fr Mots clé : solanum tuberosum, éliciteurs, PR-Protéines, réactions de défense. Descriptif du stage : Le sujet proposé concerne l’étude de la résistance partielle de la pomme de terre à deux agents pathogènes : une bactérie (Pectobacterium atrosepticum) et un oomycete (Phytophthora infestans). L’objectif du stage est de comparer, dans cinq génotypes de pommes de terre plus ou moins résistants à ces deux pathogènes l’induction de PR-Protéines. L’induction potentielle de ces protéines sera étudiée au niveau transcriptionnel par RT-PCR et Q-PCR et traductionnel par électrophorèse et immuno-marquage. Stage 49, Parcours 3,4 Intitulé du stage : Profils et ajustements métaboliques à l’échelle sub-cellulaire chez Arabidopsis thaliana et deux espèces apparentées en réponse aux stress hydrique et hypo-thermique. Equipe d’accueil : Equipe « Rendement sous contraintes abiotiques », Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes, UMR INRA-Agrocampus Ouest-Université de Rennes 1, Domaine de la Motte, Rennes-Le Rheu Encadrant : Alain Bouchereau, Professeur Université de Rennes 1 E mail :alain.bouchereau@univ-rennes1.fr Mots clé : Adaptation ; Stress hydrique et thermique ; Métabolomique ; Fractionnement sub-cellulaire ; Arabidopsis relative Model Species (ARMS). Descriptif du stage : Il s’agit de réaliser une analyse comparative de profils métaboliques par GC, LC-MS et 1H-RMN d’espèces de Brassicaceae apparentées soit sensible (Arabidopsis. thaliana) ou tolérantes (Thellungiella salsuginea pour le stress hydrique et Arabis alpina pour le stress thermique) aux stress abiotiques afin d’extraire des caractéristiques métaboliques associées à l’adaptation au milieu, applicables à l’amélioration génétique d’espèces d’intérêt agronomique. Qui plus est, ces propriétés métaboliques, pour en dégager la valeur adaptative et fonctionnelle, seront appréciées à l’échelle des principaux compartiments cellulaires (vacuole, chloroplastes, mitochondries, cytosol) en termes de qualité de métabolites accumulés, de quantité et de propriétés physico-chimiques (solubilité, énergie libre, rapport C/N, degré d’oxydation,…). Stage 50, Parcours 1,2 Intitulé du stage : Caractérisation génétique de la résistance de la carotte face à Alternaria dauci et au zinniol. Equipe d’accueil : CARROT (IRHS) Encadrant Romain Berruyer, Mathilde Briard E mail : romain.berruyer@univ-angers.fr Mots clé : SNP, Phénotypage, acide jasmonique, CIV, QTL. Descriptif du stage : La brûlure du feuillage, due au champignon pathogène Alternaria dauci, est la maladie foliaire la plus préjudiciable à la production chez la carotte. L’une des hypothèses testées actuellement au sein de l’équipe est que la résistance à Alternaria dauci est liée aux mécanismes de défense mis en jeu lors de l’interaction hôte – pathogène nécrotrophe. Les expérimentations suivantes seront réalisées au cours du stage : Un « génotypage fonctionnel » à partir des SNPs détectés chez les parents pour des gènes impliqués dans la voie de l’Acide Jasmonique, et clonés chez la carotte au laboratoire, et un phénotypage classique de la résistance, qui permettra de sélectionner un petit nombre d’individus caractéristiques qui seront utilisés pour réaliser d’autres types de phénotypages. Stage 51, Parcours 1,2,3 Intitulé du stage : Etude de l’implication des voies de signalisation du jasmonate et du salicylate dans la résistance partielle à la hernie chez Arabidopsis thaliana. Equipe d’accueil : APBV- Résistance aux bioagresseurs Encadrant : Antoine Gravot et Maria Manzanares E mail : antoine.gravot@univ-rennes1.fr et maria.manzanares@agrocampus-ouest.fr Mots clé : Arabidopsis, Jasmonate, Salicylate, Hernie des crucifères, QTL de résistance Descriptif du stage : Comprendre le rôle du jasmonate et du salicylate dans la réponse à l'infection par la hernie et de leur implication éventuelle dans la résistance chez Arabidopsis. Il s’agira d’abord d’étudier les symptômes de hernie chez des mutants des voies du JA et du SA. L’induction des deux voies signalétiques sera évaluée chez Col-0 (sensible) et Bur-0 (partiellement résistant) ainsi que dans 4 couples de lignées quasi-isogéniques, via le suivi transcriptionnel de gènes marqueurs de réponse au SA et au JA. Stage 52, Parcours 1,2 Intitulé du stage : Cartographie génétique et résolution de cluster de gènes de résistance chez le peuplier Equipe d’accueil : Unité Amélioration, Génétique et Physiologie Forestières, INRA Encadrant : Véronique Jorge E mail : veronique.jorge@orleans.inra.fr Mots clé : Peuplier, résistance, génétique, cartographie Descriptif du stage : Chez les plantes, des études génétiques et moléculaires ont révélé une organisation des gènes de résistance en cluster constitués de multiples copies de séquences analogues (Resistance Gene Analogs ou RGA). Les locus correspondants présentent généralement de multiples spécificités. Chez le peuplier, différents locus de résistance ainsi que des clusters de RGA ont été identifiés, notamment sur le chromosome XIX qui contient l’un des plus gros clusters connus du règne végétal. Les liens entre les différents locus, ainsi qu’entre leurs allèles ne sont pas clairement identifiés. L’objectif du stage est de cartographier finement des locus contrôlant la résistance à la rouille chez le peuplier à partir de plusieurs familles appartenant à un plan de croisement factoriel. La cartographie se focalisera sur le chromosome XIX en utilisant des marqueurs microsatellites identifiés sur la séquence du génome. Stage 53, Parcours 3 Intitulé du stage : Caractérisation de peupliers transgéniques potentiellement intéressants pour la production de bioéthanol Equipe d’accueil : INRA, UR588 Amélioration, Génétique et Physiologie Forestières Encadrant : Annabelle Déjardin E mail : annabelle.dejardin@orleans.inra.fr Mots clé : lignines, cellulose, propriétés du bois, transgénèse, phénotypage Descriptif du stage : Le stage consistera en l’étude de lignées de peupliers transgéniques modifiées pour plusieurs gènes à la fois. Ces gènes ont été choisis pour avoir potentiellement un effet positif sur la croissance des arbres, et entraîner une altération des lignines. Ces lignées seront caractérisées (1) au niveau moléculaire, pour l’intégration et le niveau d’expression des gènes introduits, et (2) au niveau phénotypique, pour les modifications de la composition des parois du xylème et du développement des plantes. Stage 54, Parcours 1,2 Intitulé du stage : cartographie génétique d’une population de rosier en vue de l’étude du déterminisme génétique de résistance aux maladies foliaires. Equipe d’accueil : Génétique et Diversité des ornementales (GDO)/IRHS (INRA/UA/ACO) Encadrants : HIBRAND-SAINT OYANT Laurence et MICLOT Anne-Sophie E mail : saint@angers.inra.fr Mots clé : Cartographie, pathogènes, Rosier, ROSA FORTISSIMA Descriptif du stage : Un projet de recherche intitulé ROSA FORTISSIMA a débuté en Janvier 2011 et regroupe l’ensemble des acteurs de la filière rosier. Ce projet vise à mettre à disposition des producteurs et obtenteurs de rosiers, des outils de caractérisation de leurs ressources génétiques pour leur comportement vis-à-vis des champignons phytopathogènes d'importance économique majeure. Le sujet du stage consiste à réaliser une carte génétique à partir d’une population de rosier et d’en étudier le déterminisme génétique de sensibilité à deux maladies foliaires. Stage 55, Parcours 2 Intitulé du stage : Réponse fongique à la phytoalexine brassinine Equipe d’accueil : FUNGISEM, Institut de Recherche en Horticulture et Semences Encadrant : Thomas Guillemette E mail : thomas.guillemette@univ-angers.fr Mots clé : phytoalexines, voies de signalisation, transcriptome Descriptif du stage : Cette étude vise à identifier la cible cellulaire de la phytoalexine brassinine, synthétisée par la majorité des Brassicacées cultivées, et de mieux comprendre les réponses mises en place par le champignon nécrotrophe Alternaria brassicicola pour surmonter la toxicité de ce métabolite de défense.
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Date de création : 07 Février 2008 Mise à jour : 08 Septembre 2011 Contact : |